Las capitulaciones firmadas en diciembre de 1489 ante la conquista de los Reyes Católicos alteraron una situación que se había mantenido ocho siglos, sin embargo, es en 1570 cuando la expulsión de los moriscos dejó un enorme vacío de población: las tierras quedaban incultas por falta de campesinos que las trabajasen y la crisis económica se hizo dramática, a pesar de que pronto se tomaron medidas para repoblar con cristianos viejos estos territorios. Con la nueva población se impulsó la producción agrícola en la zona del "Campo", actual El Ejido, sin que por eso disminuyera la actividad ganadera.
Los cristianos, menos duchos que los musulmanes en el uso del regadío, intensificaron el cultivo de cereales en torno a las cañadas naturales. Aumentar la producción de cereales implicaba ampliar permanentemente la superficie agrícola siendo esta una situación que se prolongará durante los siglos XVII y XVIII: ausencia de población estable en el territorio del actual El Ejido y aumento progresivo de los terrenos cultivados de cereal en las llanuras de secano.
En esta época adquieren de nuevo relevancia los aljibes. Los de esta época son prácticamente subterráneos, excepto la bóveda y el remate de los muros; suelen disponer de cisterna anexa para la extracción del agua; se abastece con la recogida directa del agua de lluvia que resbala desde la bóveda hasta acequias anexas.
Son, no obstante, las fortificaciones costeras las que definen la monumentalidad patrimonial de este periodo moderno. En 1764 promulga Carlos III un reglamento que contempla la edificación de nuevos emplazamientos. A este reglamento se debe la construcción del Castillo de Guardias Viejas, fortaleza inspirada en el proyecto de "Bateria para cuatro cañones de a veinticuatro libras" diseñado por el ingeniero español José Crame. El edificio comenzó a construirse en 1769, fue destruido por los ingleses durante la guerra de la independencia para evitar que lo utilizasen las tropas francesas y en 1817 es recontruido por un vecino de Dalías y recientemente ha sido rehabilitado por el Ayuntamiento de El Ejido. Pero no es ésta la única fortaleza edificada en el litoral ejidense: el Castillo de Malerva y la torre de la Guardia Vieja, lamentablemente ya desparecidas; la Torre de Balerma, que permanece en aceptables condiciones y las torres de las Entinas y de Cerrillos, hoy muy deterioradas, fueron edificadas en este período.
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